Años después de que un niño en América pierde a uno de sus amigos de Digimon, un malvado viral de Digimon secuestra con éxito a los Niños Elegidos originales. Sus amigos más jóvenes deben competir contra el tiempo con sus compañeros de Digimon para descubrir la fuente de esta nueva amenaza, y tal vez resolver un misterio de hace años.